Počátky atletického sportování v Prachaticích jsou datovány do předválečných let. Nebyla to však atletika jako taková, jednalo se o štafetový běh, ve kterém proti sobě bojovali čeští a němečtí studenti tehdejšího gymnázia…
Atletika v dnešní podobě začala až po roce 1960, kdy vznikl první atletický kroužek dětí pod vedením Bedřicha Kouby.
V roce 1962 započali své sportování i dospělí, a to v čele s dodnes žijícím Miroslavem Málkem a Pavlem Procházkou. Ti začali na Prachatickém stadionu pořádat závody v atletických disciplínách a zúčastňovali se přeborů na všech úrovních.
Po vstupu těchto atletů do veteránských kategorií po roce 1980 drželi atletiku místní žáci a dorostenci, kteří pokračovali až do dospělých kategorií.
V roce 1985 začíná nejúspěšnější doba Prachatické atletiky. Byla to doba, kdy atletický oddíl pod vedením Zdeňka Čecha soutěžil v Krajském přeboru družstev. V roce 1986 měl v soutěži dokonce tři družstva (muže, ženy a dorostence).
Nejlepšími sportovci oddílu byli Zdeněk Vymětal, přeborník ČSR v desetiboji a Ivo Procházka. V roce 1991 byli Prachatičtí atleti dokonce vítězem Krajského přeboru mužů, to již pod vedením Václava Kapice a Jozefa Štěpánka.Výraznou postavou Prachatické atletiky, zejména běhu byl Jindra Fiedler, který toho roku zaběhl II. výkonostní třídu v maratonu. Právě on byl zakladatelem Štěpánského běhu v Prachaticích, který jako jediný z tehdejších pořádaných akcí se koná dodnes a běhá se jako Memoriál Jindry Fiedlera.
V roce 1993 došlo k ukončení atletického oddílu při TJ Tatran Prachatice a atletika se provozovala pouze při Domu dětí a mládeže pod hlavičkou TJ Libín 1096 pod vedením Jana Plánka. Tito žáci a žákyně pravidelně objížděli atletické krajské přebory družstev i jednotlivců, družstvo ml. žákyň dokonce v roce 1999 krajský přebor vyhrálo a následně skončilo druhé v anketě Sportovec okresu Prachatice. Starší žákyně a dorostenky pak z důvodu malého počtu hostovaly v SK Čéčova ČB, kde rovněž získaly titul krajských přebornic v kat. starších žákyň a žen a závodily i v baráži o vyšší soutěž.
Na běžeckých závodech pak bojovala ještě parta běžců, která cestovala po republice za závody…
A také se konaly zajímavé sportovní akce v Prachaticích, které pořádaly jednotlivé subjekty jako ODPM, Nadační fond Lucie Hanušové, Město Prachatice apod.
Byly to např: Večerní běh městem, Lesní běh kolem Markéty, Běh Hraničáře, Prachatická hodinovka, Štafeta 1000 krát 400.